澳門大學澳門研究中心的創立宗旨是「立足澳門，研究社會，為澳門發展服務」。中心以推動跨學科的澳門研究為使命，在不同的歷史時期，曾經因應澳門的發展而調整目標。
早在二十世紀八、九十年代，澳門研究中心即以社會智庫的方式，與一眾社會領袖和各行各業的精英，為回歸進程中澳門面對的問題與挑戰出謀劃策，成為澳門回歸祖國的過渡時期重要的學術力量之一。
澳門回歸後，澳門研究中心繼承傳統，成為學界與澳門各界精英對話的重要政策討論平台，對各個時期關係澳門的重大問題進行了深入研究，從公共行政改革到特區政府的管理，從澳門的文化遺產保育到澳門的歷史城區價值，從發展澳門的文化產業到區域合作，從「一國兩制」的實踐到廿一世紀澳門的競爭力等等，都是中心長期跟進的課題，而且，我們除了對當前澳門的重大社會問題有所發問，也持續透過研究工作、學術活動和出版工作，與世界各地的學者一起審視澳門在中西文明交流史上的功能，建立了挖掘澳門歷史文化內涵的傳統。
近年國家提出「一帶一路」倡議和粵港澳灣區發展，澳門進入歷史的新階段，澳門的未來與國家政策有更為緊密的關係。根據澳門大學「立足澳門，融入灣區，面向全國，走向世界」的新時代願景，澳門研究中心重新定位，以成為澳門和大中華地區跨學科研究的先驅中心為目標，致力將澳門研究帶入全球學術的前沿。