澳門大學澳門研究中心是澳門大學的校級專職研究機構，其前身是東亞大學澳門研究所，於1987年6月1日由時任校長林達光教授主持建立，以「立足澳門，研究社會，為澳門發展服務」為宗旨。1988年澳門政府收購東亞大學，澳門研究所其後更名為澳門研究中心。
從創立之初，澳門研究中心成立之初即以推動跨學科的本土研究為己任，在1988年即創辦學術研究刊物《澳門研究》，推動本土學術出版。《澳門研究》曾經因故停刊，其後在澳門基金會的支持下重新出版至今，是澳門出版時間最長的綜合學術期刊之一。另外，從成立至今，澳門研究中心已主理及參與近百個研究項目。
早期澳門大學校長均兼任澳門研究中心的主任。中心自1987年成立起至2001年，由黃漢強先生出任副主任，2002-2008年由澳門大學校長高級顧問楊允中教授兼任代主任，2009-2017年由澳門大學社會科學學院院長郝雨凡教授兼任代主任，2017年7月起由社會科學學院林玉鳳副教授出任代主任，2018年8月正式任命為澳門研究中心主任。